Le macaron apparaît en Europe au Moyen Âge où il va se diversifier et trouver de nouvelles formes et saveurs. D’Italie, il passe en France à la Renaissance. Curieusement, cependant, il n'est pas mentionné dans le Traité des confitures et fardements publié par Nostradamus en 1552.

On trouve des écrits qui présentent la recette du macaron sous le nom de Louzieh d'une confiserie omeyyade qui l'offrit au calife Ottoman du au XVe siècle en Syrie.

Au Moyen Âge, le « macaron » désignait deux produits différents : le gâteau, mais aussi un potage avec des éléments en farine qu’on mangeait avec du fromage frappé, de la cannelle et du safran et que l'on appelle « macaroni » à partir, seulement, du XVIIe siècle. D’où la difficulté, parfois, de savoir à quels produits les sources historiques font référence.

En Lorraine, le macaron est apparu sous l'égide des Dames du Saint-Sacrement, dans une recette tenue secrète depuis le XVIIIe siècle. La recette des macarons de Boulay est apparue en 1854. Ces macarons perpétuent la recette initiale et présentent la particularité d'être à croûte dure et à intérieur fondant.

Au Pays basque, à Saint-Jean-de-Luz, le macaron est apparu sous l'impulsion d'un pâtissier, M. Adam, qui en offrit à Louis XIV pour son mariage en 1660. Depuis lors, les descendants du pâtissier perpétuent la tradition.

La création du macaron parisien, composé de deux gâteaux ressemblant à des macarons accolés et garnis de ganache, est revendiquée par le pâtissier Pierre Desfontaines, petit fils de Louis Ernest Ladurée au début du XXe siècle. Cette nouvelle présentation sucrée et parfumée n'a que peu de rapport avec les macarons lorrains au parfum d'amande, à la croûte croquante et fondants à l'intérieur.